A religião predominante no Japão hoje em dia é o budismo, que no final de 1985 tinha 92 milhões de seguidores. O cristianismo também está ativo; cerca de 1,7 milhão de cristãos em 1985. Entre as outras religiões, os mulçumanos contam com cerca de 155 mil seguidores, inclusive não-japoneses residindo temporariamente no país.

A religião nativa do Japão é o xintoísmo, que tem suas raízes nas crenças animistas dos japoneses ancestrais. O xintoísmo transformou-se numa religião da comunidade, com santuários locais para as famílias e deuses guardiães locais. Durante muitas gerações, o povo deificou os heróis e líderes de projeção de sua comunidade e cultuou as almas dos ancestrais de sua família.

O xintoísmo existe lado a lado com o budismo e, às vezes, o sobrepuja na mente do povo. Hoje em dia, muitos japoneses realizam ritos xintoístas quando casam, e passam por ritos fúnebres budistas quando morrem.

Os japoneses encaram o confucionismo mais como um código de preceitos morais do que como uma religião. Introduzindo no Japão no começo do século VI, o confucionismo exerceu um grande impacto no pensamento e comportamento do japoneses, mas sua influência diminuiu após a Segunda Guerra Mundial.